Em 1414, Hus foi convocado ao Concilio de Constança para defender seus ensinamentos. Sigismundo, imperador do Sacro Império Romano, prometeu-lhe salvo-conduto. O concilio já tinha uma opinião formada sobre Hus. Ele foi preso imediatamente após sua chegada. O concilio condenou tanto os ensinamentos de Wycliffe quanto os de Hus, que defendia as idéias de Wycliffe.

Sob ataque, Hus se recusou a negar que afirmara que quando um papa ou um bispo estivesse em pecado mortal, ele deixava de ser papa ou bispo. Em sua defesa oral, complementou suas declarações dizendo que o rei também deveria fazer parte dessa lista. Sigismundo convocara o concilio para corrigir o Grande Cisma, o que foi realmente alcançado. Contudo, é natural que nenhum concilio que restaurasse a autoridade do papa recebesse de bom grado um rebelde, que questionava seu direito de fazer isso.

Abatido por sua longa prisão, pela doença e pela falta de sono, Hus ainda alegou inocência e se recusou a renunciar a seus "erros". Ele fez a seguinte declaração ao concilio: "Eu não renunciaria à verdade nem mesmo por uma capela repleta de ouro".

Em 6 de julho de 1415, a igreja condenou, formalmente, Hus e o entregou às autoridades seculares para a punição imediata. No caminho para o lugar de execução, Hus passou diante de uma igreja na qual uma fogueira queimava seus livros. Rindo, disse aos observadores que não acreditassem nas mentiras que estavam circulando sobre ele. Ao chegar ao lugar onde seria queimado em uma fogueira, o oficial do império pediu a Hus que se retratasse de suas idéias. "Deus é minha testemunha", disse o sacerdote, "de que as evidências contra mim são falsas. Eu nunca pensei nem tampouco preguei nada que não tivesse a intenção de, se possível, livrar os homens de seus pecados. Hoje morrerei satisfeito".